يمكن أيضًا استخدام نماذج التنادد لتحديد الاختلافات الدقيقة بين البروتينات ذات الصلة التي لم يتم حلها هيكليًا جميعًا . على سبيل المثال ، تم استخدام الطريقة لتحديد مواقع ربط الكاتيونات على Na+/ K+ATPase ولاقتراح فرضيات حول تقارب ربط ATPases المختلفة
ما هي نماذج التماثل المستخدمة؟
النمذجة المتماثلة هي إحدى طرق التنبؤ بالهيكل الحسابي التي تستخدملتحديد بنية البروتين ثلاثية الأبعاد من تسلسل الأحماض الأمينية. تعتبر أكثر طرق التنبؤ بالهيكل الحسابي دقة. يتكون من عدة خطوات مباشرة وسهلة التطبيق.
ما هي نمذجة التنادد ولماذا هناك حاجة إليها؟
تحصل نمذجة Homologyعلى البنية ثلاثية الأبعاد للبروتين المستهدف بناءً على التشابه بين القالب والتسلسل المستهدفوتثبت هذه التقنية فعاليتها عندما يتعلق الأمر بدراسة بروتينات الغشاء التي يصعب بلورتها مثل GPCR لأنها توفر درجة أعلى من فهم …
كيف تصنع نموذج تجانس؟
هناك عدة خطوات متضمنة في نمذجة التنادد
- اختيار القالب باستخدام التسلسل المستهدف. لهذا الغرض ، يمكنك إجراء بحث بلاستب مقابل جميع هياكل البروتين المتاحة (PDBs). …
- محاذاة القالب والتسلسل المستهدف. …
- جودة النموذج الخاص بك. …
- صقلوفقًا للنموذج الخاص بك.
ما الذي يجعل النمذجة التماثل جيدة؟
إذا حددنا "نموذج تجانس ناجح للغاية" على أنه نموذج يحتوي على <=2 Å rmsd من البنية التجريبية ، إذنيجب أن يحتوي القالب على >=60٪ هوية تسلسل مع الهدف للنجاح معدل >70٪. حتى في هويات التسلسل العالي (60٪ -95٪) ، ما يصل إلى واحد من كل عشرة نماذج تماثل لها rmsd >5 Å مقابل
